Pusat Islam ditubuhkan pada bulan November 2001 sebagai salah satu Pusat /Unit di bawah Jabatan Hal Ehwal Pelajar & Alumni (JHEPA). Objektif utama penubuhan adalah untuk merancang dan melaksanakan aktiviti dan program keislaman ke arah mempertingkatkan kefahaman dan penghayatan Islam dalam usaha membina sahsiah dan jati diri masyarakat kampus. Selaras dengan perkembangan dan keperluan Universiti, Pusat Islam telah diletakkan di bawah Jabatan Canselori bermula 1 Jun 2005. Berdasarkn kepada perkembangan inovasi pengurusan zakat di Universiti, pentadbiran Pusat Islam kembali berada di bawah seliaan JHEPA pada tahun 2008 bagi memberi fokus kepada skim bantuan zakat pelajar UPSI. Pusat Islam diberi penstrukturan semula pada tahun 2011 dan berada dibawah seliaan Jabatan Canselori. Pada tahun 2012, Kampus Sultan Azlan Shah di Proton City dengan rasminya telah beroperasi. Sehubungan dengan itu, Pusat Islam memantapkan lagi perkhidmatan hal ehwal Islam dengan pengimarahan Masjid Al-Mursyidin dan lain-lain aktiviti yang beroperasi di Kompleks Pusat Islam UPSI sehingga kini. Bermula pada Ogos 2020, unit zakat telah berpindah ke bawah Jabatan Bendahari di bangunan Canselori UPSI.